Badanie genomiczne grzybów żyjących na naszej skórze stanowi podstawę do zrozumienia, w jaki sposób te drobnoustroje przyczyniają się do zdrowia i chorób skóry.
Na powierzchni naszego ciała żyją złożone społeczności drobnoustrojów. Te grzyby, bakterie i wirusy są wspólnie określane jako mikrobiom skóry. Zespół z Narodowego Instytutu Badań nad Genomem Człowieka NIH (NHGRI) i Narodowego Instytutu Raka (NCI) stosował wcześniej techniki genomiczne do badania bakterii skórnych. Znaleźli różnorodne zbiorowiska bakteryjne, które różniły się między ludźmi i miejscami na skórze. W swoim nowym badaniu zespół zastosował podobne podejście genomiczne, aby lepiej zrozumieć grzyby żyjące na naszej skórze.
Grzyby to pleśnie, grzyby i drożdże używane do fermentacji chleba i piwa. Te drobnoustroje są związane z wieloma chorobami i stanami skóry, w tym z grzybicą, egzemą, łupieżem i infekcjami paznokci. Infekcje grzybicze skóry dotykają około 29 milionów ludzi w całym kraju. Ale grzyby mogą być powolne i trudne do wzrostu w laboratoriach, co utrudnia identyfikację i leczenie infekcji grzybiczych.
22 maja 2013 roku naukowcy pobrali próbki z 14 miejsc ciała od 10 zdrowych osób dorosłych. Skupili się na fragmencie DNA wspólnym dla wszystkich grzybów — interweniującym wewnętrznym przerywniku transkrybowanym 1 (ITS1) rybosomalnego RNA — który można wykorzystać do klasyfikacji grzybów na poziomie rodzaju z dokładnością większą niż 97%.
Generując z próbek ponad 5 milionów sekwencji ITS1, zespół był w stanie zidentyfikować ponad 80 typów grzybów na poziomie rodzaju żyjących na ludzkiej skórze. W przeciwieństwie do tradycyjnych metod hodowli można było zidentyfikować tylko 18 typów. zostały znalezione we wszystkich miejscach skóry. były dominującym typem w 11 z 14 miejsc, w tym za uszami, w nozdrzach, z tyłu i na ramionach.
Zespół odkrył, że pięty, które nie wykazują dużej różnorodności bakteryjnej, były najbardziej złożonym miejscem występowania grzybów, z około 80 reprezentowanymi typami. Pajęczyny palców u nóg z około 60 typami i paznokcie u nóg z 40 miały kolejny najwyższy poziom różnorodności grzybów. Ręce i ramiona, które są siedliskiem dużej różnorodności bakterii, miały stosunkowo niewiele rodzajów grzybów. Zbiorowiska grzybów na rdzeniu ciała były dość stabilne w czasie, z niewielką zmianą w testach w odstępach do 3 miesięcy. W przeciwieństwie do tego, grzyby na stopach zmieniły się znacznie w ciągu 3 miesięcy, być może odzwierciedlając większą ekspozycję środowiskową.
Zbiorowiska grzybów na ludzkim ciele są złożone i specyficzne dla miejsca” – mówi współautorka dr Heidi Kong z NCI. Zdobywając pełniejszą świadomość ekosystemów grzybowych i bakteryjnych, możemy lepiej zająć się powiązanymi chorobami skóry, w tym infekcjami grzybiczymi, które mogą być związane z leczeniem raka.
Dane z naszego badania dają nam punkt odniesienia dotyczący normalnych osób, którego nigdy wcześniej nie mieliśmy” – mówi współautorka dr Julie Segre z NHGRI. Najważniejsze jest to, że twoje stopy są pełne różnorodności grzybów, więc noś klapki w szatniach, jeśli nie chcesz mieszać grzybów stóp z grzybami innych osób.
